Он считал, что вера непоколебима зиждется на убеждении, которое было достигнуто путём свободного мышления, именно поэтому вера, принятая без проверки без содействия умственной силы, является недостойной свободной личности. Он придерживался мнения, что заблуждаться могут даже служители церкви, а любая официальная догма церкви будет ложной, если она не основана на Библии. Работы Абеляра подвергались резкой критики Церкви, но реакцию вызывали не сами теоретические взгляды Абеляра, изложенные в этих трудах. Собственное отношение Абеляра к Богу не отличалось особенной оригинальностью.
Неоплатонические мысли, в которых Абеляр объясняет Бога Сын и Духа Святого лишь как атрибуты Бога отца, делающие его всемогущим, представлены лишь в трактовке Святой Троицы. Дух Святой представлялся ему как некая мировая душа, а Бог Сын является выражением всемогущества Бога Отца. Именно это концепция и подверглась осуждению со стороны Церкви, и обвинению его в арианстве. И все же, главное, что осуждалось в работах ученого, было другое. Пьер Абеляр являлся искренне верующим, но при этом сомневался в доказательстве существования христианского вероучения. Несмотря на веру в то, что христианство истинно, он сомневался в существующей догматики. Абеляр считал, что она противоречива, недоказательна, и не дает возможности для полного познания Бога.
Рассказывая об оном своем учители, с которым у него были постоянные споры, Абеляр говорил: «если кто- нибудь приходил к нему с целью разрешить какое- нибудь недоумение, то уходил от него с еще большим недоумением». Для него не было и не могло быть иной силы, способной создать истинное христианское учение, кроме как науки, в которой на первое место он ставил философию, основанную на логических способностях человека. В своих рассуждениях о происхождении логики он опирался на то, что Иисус Христос называет Бога Отца «Логосом», а также на первые строки Евангелия от Иоанна: «В начале было Слово», где «Слово» в переводе на греческий звучит как «Логос».
Абеляр высказывал мнение, что логика дана людям для их просвещения, для нахождения «света истинной мудрости». Логика призвана сделать людей «и истинными философами, и искренне верующими христианами. Именно диалектику он считал наивысшей формой логического мышления. При помощи диалектики можно не только выявить все противоречия христианства, но и устранить их, построить новое непротиворечивое учение, основанное на доказательствах. Абеляр предпринял попытку доказать, что к Священному писанию нужно относиться критически. Его работа «Да и Нет» является ярким примером критического отношения к основным догмам христианства. Руководство По Ремонту Renault Modus.
Если все принципы научного названия назвать методологией, то Пьера Абеляра можно назвать основателем методологии научного познания в Западной Европе, что является его наиболее значимым вкладом в развитие средневековой науки. Биомедицинская Этика. Познание возможно лишь при помощи науки и философии. В работе «Введение в теологию» Абеляр дает четкое определение понятию вера. По его мнению это «предположение» о вещах, недоступных человеческим чувствам. Более того, Абеляр делает вывод о том, что еще античные философы пришли к большинству христианских истин только благодаря науке и философии. Он считал, что миссия Христа была не в том, чтобы своим страданиями искупить людские грехи, а в том, что он показал пример истинной жизни, пример разумного и морального поведения.
Грех, по мнению Абеляра, это поступок совершенный вопреки разумным убеждениям. Источником таких поступков являются человеческий разум и человеческое сознание. В свою очередь разумные убеждения человека заложены в сознание Богом.